房間隔缺損癒合概率在醫學稱之為自然閉合概率，我國高等院校教材書中提到4歲以內寶寶，出現小房間隔缺損自然閉合率在15%左右。也有學者根據房間隔缺損自然轉歸和預後認為，1歲以內寶寶有自然閉合可能，而1歲以上寶寶自然閉合可能性較小。

對於臨床症狀較為嚴重的寶寶，如果早期開始出現右心擴大甚至心衰情況，則通常無自發閉合可能。同時也表明如果寶寶房間隔缺損較大且左向右分流量較多，則合併疾病可能性較大，如合併肺動脈高壓、心衰等情況。

嬰兒期由於單純房間隔缺損而導致死亡的案例較少，而整個嬰兒期有單純房間隔缺損的情況較為正常。因此家長可以依照正常同齡寶寶方式進行餵養，通常房間隔缺損在40歲以後才可能出現心衰、右心擴大甚至因房間隔缺損而導致死亡的情況。