部分嬰兒的房間隔缺損可以自愈，因此發現嬰兒患有房間隔缺損，家長不必過於緊張或焦慮。如果僅為單純的房間隔缺損，並沒有合併嚴重的心臟結構或功能異常，則建議定期隨訪和觀察。個別嬰兒的房間隔缺損，隨著年齡增長可以逐漸癒合。

如果隨著年齡增長，房間隔缺損始終存在，並且出現心臟負擔過重的表現，比如心臟結構增大、心功能下降，或者在生長發育過程中，反覆因房間隔缺損而導致肺血多，反覆出現肺炎或支氣管炎的表現。如果年齡大於1歲半或房間隔缺損在5mm以上，自愈的可能性較小，建議採用房間隔介入封堵手術。如果合併其它的心臟結構和功能異常，考慮聯合心臟外科矯正手術，對房間隔缺損進行修補。