經顱磁刺激治療自閉症只能有一定的效果，因為經顱磁刺激對於腦部的神經發育有一定的刺激作用，所以對於自閉症的兒童，尤其是對於大腦發育還沒有成熟的兒童有一定的效果。

但是目前情況下自閉症患者最好積極的進行感覺統合訓練，以及言語表達訓練，最好通過系統的心理輔導以及特殊的教育，讓自閉症的兒童達到康復的目的，不能只是依靠經顱磁刺激，否則可能會延誤病情。