自閉症主要是遺傳因素引起的，同時也有一定的環境因素作為影響因素。但是自閉症作為兒童期比較嚴重的精神疾病，最主要的原因是遺傳因素引起的，比如有可能伴隨著多基因遺傳問題或者是基因突變問題。

從統計學角度，如果家庭中尤其是三代以內的直系親屬有自閉症、焦慮症的問題，或者是三代以內的旁系親屬有自閉症的問題，患兒出現自閉症的概率大大增加，可能是普通人的幾倍到十幾倍，從這個角度自閉症由於遺傳因素引起來的可能性很大。