飲食和生活方式調整是反流性食管炎治療的基礎，包括減肥、抬高床頭、戒菸酒，避免夜餐、飽餐，避免進食後運動，避免進食可能促進反流的食物，如巧克力、咖啡、西紅柿等。

藥物治療通常需兼顧其它合併疾病，如功能性胃腸病、慢性胃炎、膽汁反流、內臟高敏感和腸道菌群失調等，常用藥物包括抑酸劑、抗酸劑、促胃腸動力藥、黏膜保護劑、膽汁結合劑、神經調節劑和中藥等。

對於難治性食管炎，可考慮採用內鏡治療，如內鏡消融治療或磁珠抗反流術。抗反流手術主要是胃底摺疊術，通常可以持久控制各種形式的反流和反流症狀。對於症狀持續，藥物無法充分控制，有併發症和生活質量低下的患者，可考慮手術治療，但術前需詳細評估，嚴格把握適應症。