實際上胃腸道間質瘤和胃癌是兩種完全不同的腫瘤，胃的惡性腫瘤，胃癌佔到90%以上，胃腸道間質瘤僅佔胃惡性腫瘤中的5%左右。胃腸道間質瘤可以發生在胃腸道的任何一個部位，主要是在胃和小腸。胃腸道間質瘤和胃癌的主要區別如下：

1、組織來源不同：胃癌主要是來自於胃黏膜的上皮細胞，惡性程度也非常高。胃腸道間質瘤主要是來自於胃黏膜下的間葉組織，主要是發生於卡哈爾氏間質細胞的一個基因突變之後才導致的，惡性程度相對較胃癌要低一些；

2、臨床表現不同：胃癌的臨床表現為腹痛、消化道出血，而且進展非常快，患者常常會有消瘦、噁心、嘔吐，甚至黑便這些狀態。胃腸道間質瘤早期通常沒有特別的症狀，大多數是通過體檢或者是其他的疾病檢查時，發現的胃腸腫瘤；

3、治療方式不同：胃癌實際上是以根治性手術，包括圍手術期的化療為主。而胃腸道間質瘤對化療和放療都不敏感，手術和靶向藥物治療卻是主要的治療方式；

4、預後不同：相比較中晚期胃癌來講，胃腸道間質瘤預後要好很多，5年生存率也比胃癌要高，尤其是最近20多年來靶向藥物的出現，實際上極大提高胃腸道間質瘤，尤其是中高危患者的生存率和生活質量，而且對於比較晚期的胃腸道間質瘤，也實現了一個比較長期的帶瘤生存。