在手術切除以後，一般根據胃腸道間質瘤的腫瘤大小、核分裂象計數和腫瘤原發部位，來評估胃腸道間質瘤的復發風險。復發風險度可以分為極低危、低危、中危和高危。

如果腫瘤＜5cm，核分裂象計數≤5的胃腸道間質瘤，屬於極低危或者低危，復發風險很低，不推薦在術後進行靶向藥的輔助治療。對於＞5cm的胃腸道間質瘤，一般屬於中危或者高危，復發風險相對較高。另外如果腫瘤發生了破裂，只要有破裂的情況發生，無論腫瘤多大、核分裂象計數是多少，都屬於高危復發風險較高。中危和高危復發風險度的患者，推薦手術以後進行靶向藥的輔助治療。

評估復發風險對於後續獲得良好的治療效果非常重要。有些患者其實只需要手術就可以治癒，還有一些患者具有潛在復發風險，評估復發風險能讓患者不至於錯過輔助治療的最佳時機。評估復發風險屬於醫學專業問題，請遵醫囑，千萬不能自行評估導致貽誤病情。