胃腸道間質瘤的治療多采取以手術治療為主的綜合治療，其中手術治療為首選方法，然後根據胃腸道間質瘤的惡性程度來進行術後的輔助治療，常見的藥物治療中，伊馬替尼最常用，目前該藥已經國產化，在國外該藥又稱為格列衛。具體用藥請結合臨床，由醫生面診指導為準。