胃腸道間質瘤的治療首選手術，通過根治術以後，根據分級再考慮術後輔助治療，對於手術以後局部復發或出現遠處單個轉移病灶的患者，手術還是主要治療手段。具體如下：

1、對於低危間質瘤進行根治術以後，不需要做術後輔助靶向藥物治療，即鞏固靶向藥物治療；

2、對於中危胃間質瘤不需要做術後輔助靶向治療，腸間質瘤根治術後建議做口服靶向藥物治療，主要靶向藥物是伊馬替尼；

3、對於高危間質瘤，根治術以後建議口服靶向藥物治療；

4、對於晚期沒有手術治療機會的患者以藥物為主，即伊馬替尼，爭取降期再看看能否爭取手術，如果一線治療失敗以後，二線可用抗血管靶向藥物治療，即舒尼替尼。二線治療失敗以後，三線可用瑞戈非尼。所以胃腸間質瘤藥物裡面以靶向藥物治療為主。