胃間質瘤是來源於中胚層的腫瘤，具有一定的特殊性，胃間質瘤的良惡性並無嚴格界限，需手術切除後進行病理檢查明確。在臨床上胃間質瘤直徑小於3cm一般考慮為良性；若胃間質瘤直徑大於3cm，具有潛在惡變可能。

部分特殊情況下，胃間質瘤直徑小於3cm也具有惡變可能，惡性程度相對胃癌較低。惡性胃間質瘤若處理不當，易引起復發或轉移至其他臟器，如肝臟、肺等，但是臨床上較少見。