腸道間質瘤的嚴重程度需根據患者瘤體體積進行判斷，若患者瘤體較大，則病情較重。若患者為小間質瘤，病情較輕，儘早發現，積極治療，可完全治癒。部分患者無明顯臨床症狀，隨瘤體增大可引發病情加重，從而導致出血、腫瘤播散性轉移等，嚴重可危及患者生命。

若腫瘤集中在局部，相對症狀較輕。若瘤體呈現播散性或廣泛轉移，患者病情較重，此時手術困難且術後併發症較多。若患者無大出血且身體情況較好，可選擇伊馬替尼進行治療，效果較理想。