通常懷孕早期如並非存在特殊情況，不主張孕婦服藥。懷孕早期，即孕前三個月時胎兒還沒有完全長成，這時用藥會對胎兒成長構成一定影響，比如導致胎兒畸形。此為早期不給孕婦服藥的主要原因，即擔心藥物影響導致的胎兒畸形。

膽汁反流性胃炎患者在懷孕其它過程中可以適當服藥，如患者疼痛由胃炎或者膽汁反流所致，可以給患者使用PPI製劑，即酸抑制劑、質子泵抑制劑和中和膽汁的藥物。通常建議患者在醫生指導下使用藥物治療。