對於膽汁反流性胃炎，現代醫學認為給予抑制胃酸、抗膽汁反流的藥物，比如鋁碳酸鎂或者促進胃腸動力的藥物聯合應用，可以有效治療，治療週期在六週左右，患者症狀可以得到明確改善。

中醫認為膽汁反流是胃氣不降、肝胃不和、膽熱犯胃的表現，給予降逆和胃、疏肝利膽的中藥治療可以有所緩解。中西醫結合治療可能會更有效、更有幫助，中醫藥物可以疏肝利膽、和胃降逆。單純應用西藥對於單純的膽汁性反流胃炎的病人可能會有效，如果是複雜因素的多重反流因素相關病人，簡單應用西藥治療效果不是特別理想，中西結合治療可能幫助更大。