消化道重複畸形主要表現為腸重複畸形，其危害依據不同畸形類型具有較大差異：

1、對於腸重複畸形造成的腹部腫塊，由於腫塊具有一定重力，可導致腸管功能性障礙，甚至可誘發腸扭轉、腸梗阻；

2、對於與主腸管相通的腸重複畸形，內部產生液體可經由主腸管引流，由於重複腸管與主腸管內部黏膜不同，可能導致潰瘍出血，需要與Meckel憩室出血相區別。