先天性腸閉鎖手術風險具體如下：

1、麻醉風險：麻醉會出現窒息或者引起氣道損傷；

2、吻合口瘻：手術要把兩端腸管接通，最主要的併發症是吻合口瘻，如果接上去長不好，大便都漏在肚子裡，需要再次手術，手術是進行造瘻，待其恢復較好，約三個月左右，再把造瘻口還納回去；

3、切口感染：因為新生兒皮膚抵抗力差、營養不良都會引起切口感染、切口裂開；

4、遠期併發症：吻合口狹窄、腸管粘連。