新生兒呼吸窘迫綜合徵屬於新生兒的危重症，如果早期發現、早期治療，其預後較佳。因為目前臨床上治療新生兒呼吸窘迫綜合徵的技術均較為成熟，其治療的關鍵在於早期識別。如果新生兒呼吸窘迫綜合徵於早期識別，並給予呼吸支持與肺泡表面活性物質的替代治療，一般患兒出生72小時之後，其症狀均會逐漸緩解。除非患兒伴有基因缺陷等特殊情況，比如患兒體內產生肺泡表面活性物質的基因出現問題，導致自身不能產生肺泡表面活性物質，所以需要終身進行替代治療，但終身進行替代治療在臨床上並不現實，因為替代治療的藥物價格均非常昂貴，此類先天伴有基因問題的患兒，其預後一般不佳。如果新生兒呼吸窘迫綜合徵的發現時間較晚，或者發現新生兒呼吸窘迫綜合徵之後，無較為有效的治療技術進行支撐，則患兒可出現頑固的、持續的低氧血癥，並會造成各個臟器功能的損傷，甚至衰竭，此類患兒的預後往往不佳。對於臨床醫生而言，大部分新生兒呼吸窘迫綜合徵如果能夠得到早期的識別、診斷、治療，其預後較佳。目前預防新生兒呼吸窘迫綜合徵的較佳措施，即發現孕婦有早產的可能時，應於嬰幼兒出生前在產科對孕婦應用激素治療，應用激素治療之後，一般嬰幼兒在出生後出現急性呼吸窘迫綜合徵較為少見。