膽管結石的形成與膽汁排洩、代謝有關。最常見的結石是膽囊結石，部分患者把膽囊摘完以後會發現膽管裡面還會長結石。正常人生理代謝途徑是肝臟分泌膽汁，膽汁在膽囊內儲存，如果摘除膽囊，機體還是有源源不斷的膽汁從肝臟分泌出來，原因一般有以下幾類：
1、肝髒內膽汁中膽固醇成分偏多，膽汁酸成分減少，容易形成膽管結石，部分是在肝內形成，部分在肝外形成。這種情況我們要根據患者的臨床症狀，有無合併發燒、膽管炎、膽道擴張等合併症狀來評估其是否需要手術治療；
2、飲食：長期高脂飲食、飲食不規律、過於偏食等都是膽管結石形成的病因；
3、感染：如果反覆存在反流性膽管炎，胃腸道Oddi括約肌功能障礙等也容易引起肝內膽管結石的發生。