醫源性膽管損傷指由醫生治療引起或者醫療過程中導致患者正常膽道損傷，大部分醫源性膽管損傷與膽囊切除術有關。雖然正常的膽囊切除術是比較小的手術，風險較低，但當患者在急性期、膽囊炎症比較重、膽囊穿孔、伴有其他疾病等情況出現時，正常的解剖結構不清楚，做手術的過程中會損傷膽總管。最常見的醫源性膽總管損傷可引起右肝管的損傷，損傷也分橫斷或者引起狹窄，根據狹窄和橫斷的程度決定進一步的治療。