阿米巴痢疾採取灌腸製劑時，常建議左側臥位。如果病變範圍稍廣，並累及左半結腸，患者可採取膝胸臥位，即臀部稍抬高，有助於藥物從肛門向左半結腸分佈，從而使藥物發揮較大作用。對於老年人、高血壓或腦血管病患者，膝胸臥位有風險，建議左側臥位。灌腸時儘量保留較長時間，並儘量不排便，有助於灌腸藥物發揮療效。

阿米巴痢疾常由於阿米巴感染引起腸道損傷，出現腹痛、腹瀉、果醬樣大便，但並非以灌腸為主要臨床治療方法，應用藥物如甲硝唑藥物殺滅寄生蟲，可有效幫助患者緩解症狀。如果阿米巴腸炎是以直腸型為主，腸道黏膜充血、水腫較嚴重，可給予甲硝唑灌腸或保護腸黏膜的藥物治療，但應以口服藥物為主，灌腸應用相對較少。