近年來，隨著診斷能力、早期干預、康復訓練質量的提高，自閉症兒童的預後也在逐步改善。部分兒童的認知水平、社會適應能力和社交技巧都可以達到正常水平。但是自閉症的預後也受到多種因素的影響，包括：

1、診斷和干預的時間，比如早期診斷並在發育可塑性最強時對患兒進行長期系統的干預，一般在6歲以前，可最大程度改善患兒預後。對於輕度、正常或接近正常兒童的自閉症患兒，早期診斷和早期干預尤為重要；

2、早期語言交流能力，與兒童孤獨症密切相關。早期在5歲以前，在診斷為兒童自閉症之前已有較好的語言能力者，預後一般較好；

3、病情嚴重程度以及智力水平。兒童孤獨症患兒的預後受病情嚴重程度和智力水平影響較大，病情越嚴重，智力越低，預後也越差。反之，病情越輕，智力越高，預後越好；

4、自閉症患兒是否伴有併發症。自閉症兒童的預後還與兒童的發病疾病相關。若患兒伴有脆性X綜合徵、結節性硬化、精神發育遲滯、癲癇等疾病，其預後也較差。