男性感染HPV後早期可能並無明顯不適症狀，隨著疾病的發展，可能會在皮膚上出現良性疣體、尖銳溼疣、男性不育、腫瘤等。
1、無明顯症狀：有些男性患者在感染HPV後，由於處於早期，即潛伏期，病毒載量小，易被免疫系統清除掉一部分，不會出現明顯不適症狀，但患者本身攜帶HPV，也具有傳染給他人的可能。
由於患者此時無明顯症狀，並不認為自己已經感染，也並未做好個人防護，傳染給他人的幾率較大；
2、皮膚上出現良性疣體：由於感染HPV亞型的不同，可能會出現扁平疣、尋常疣等表現。扁平疣一般是感染HPV3型、10型，尋常疣則是感染HPV2型、4型、7型。表現為隆起於皮膚的米粒樣、黃豆樣大小的丘疹，質地較硬，有些表面還會比較粗糙，都會隨著疾病的發展而不斷擴散；
3、尖銳溼疣：尖銳溼疣好發於肛門、生殖器周圍等處，早期為形似米粒樣大小的小疣體，可能並不會伴有瘙癢、疼痛等明顯症狀。後期疣體逐漸增大，可能會形成菜花狀、雞冠狀的較大贅生物，此時不適症狀較明顯。嚴重者可能會蔓延到肛門直腸、尿道內以及面部、口腔內部等，甚至發生破潰、出血。
4、男性不育：精子感染人類乳頭瘤病毒是導致男性不育的重要原因之一，所以當男性感染HPV後便有可能出現不育的情況。

5、腫瘤：男性感染高危型HPV後可能還會引起陰莖癌、肛門癌、前列腺癌等惡性腫瘤，還需要引起足夠重視。
大多數男性感染後生長的疣體在醫生指導下經手術、激光切除後，再進行藥物輔助治療，如阿昔洛韋片、重組人干擾素α2b凝膠等，基本可以達到治癒。