在冠狀溝部位出現尖銳溼疣，與在其他部位出現尖銳溼疣在治療上並沒有區別。一般採用物理治療、外塗藥物或者在疣體基底部進行注射的方法，使疣體壞死脫落。

常用的物理治療方法比如激光、冷凍、光動力；常用的外塗藥物比如鬼臼毒素酊、咪喹莫特軟膏、氟尿嘧啶軟膏；常用的在疣體基底部進行注射的是干擾素。等疣體脫落以後，需要再應用干擾素進行肌肉注射，清除體內的HPV病毒。

患者可以口服中藥或者西藥調節自身的免疫抵抗力。如果患者發生冠狀溝珍珠疹，也就是假性尖銳溼疣，是不需要進行治療的。