尿道口的尖銳溼疣，整體治療上與其它部位尖銳溼疣的治療原則和方法上一樣，可以用微波手段，因為微波對於尿道口比較狹小的地方可以到達，可把疣體去除掉，去除掉疣體之後建議用干擾素、咪喹莫特塗抹，以去除病毒，如果免疫力有點低下的人，可服用增加免疫力的口服藥。

對於尿道口尖銳溼疣治療還可以用光動力的辦法，光動力在尿道口上因為損傷較小、面積較小，所以光動力上藥和照光都很容易集中達到需治療的部位。但特別提醒在尿道口不要用鬼臼毒素類液體狀的腐蝕性藥物，因為水狀藥物很容易流到尿道深處的地方，造成病毒往深處去感染，如果造成尿道深部的感染，治療會比較麻煩。