肛門尖銳溼疣可用藥物治療，如果發生單發、孤立、比較小，可用藥物治療。藥物起到腐蝕疣體的作用，比如鬼臼毒素、三氯醋酸或尤脫欣等藥物。

但使用藥物時一定要把正常的皮膚黏膜保護好，可用醫用膠布把疣體周圍粘上，只把疣體露出來，然後再使用。

因為化學性的腐蝕性藥物都是液體狀，如果不保護正常黏膜，液體狀的腐蝕劑就會把正常的皮膚黏膜腐蝕，腐蝕後皮膚黏膜破損病毒就會重新在破損的黏膜上形成人為種植。如果是膏狀的藥物不具備流動性，單純腐蝕疣體也可用。