發生生殖器尖銳溼疣時，可以考慮藥物治療、物理治療，嚴重時也可以考慮手術治療。藥物治療由於個體差異大，用藥不存在著絕對最好、最快、最有效，除常用的非處方藥物以外，應在醫生指導下，充分結合個人情況，選擇最合適的藥物，可以首選咪喹莫特乳膏。

為了提高療效，可以聯合物理治療辦法，常用的物理療法包括冷凍治療、激光治療、電凝治療、電離子治療和微波治療等，這些物理治療是通過直接的破壞作用來清除皮損。當皮損只發生在小範圍時，也可能不需要手術。如果尖銳溼疣分佈廣泛，藥物及冷凍等治療無法去除皮損時，則可以選擇手術切除。