尖銳溼疣的治療，有外用藥和口服藥，一般外用藥都是腐蝕劑，可以選擇咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、複方足葉草酯塗劑、氟尿嘧啶乳膏或者派特靈。

當疣體去除以後，可以局部外用抗病毒干擾素軟膏，此外可以口服抗病藥伐昔洛韋片或提高免疫力的藥物，可以吃溶菌酶腸溶片或胸腺五肽。還可以打針，用干擾素局部注射，這樣效果較好。