兒童咳嗽伴耳部疼痛原因如下：

1、呼吸道、氣道壓力改變，通過咽鼓管傳至中耳部位，引起鼓膜震動出現耳部疼痛；

2、呼吸道感染：特別是鼻咽部炎症。咽鼓管開口出現腫脹、堵塞，中耳內氣體與外界不通，氣體吸收後導致耳部疼痛；

3、中耳炎：呼吸道感染合併中耳炎出現幾率較高，約10%左右。細菌、病毒、支原體等可通過咽鼓管至中耳部位引發炎症。如中耳炎因細菌感染導致，即化膿性中耳炎，可能出現白細胞升高，疼痛較明顯。如果鼓膜內出現液體滲出，需使用抗生素治療7-10天。