器質性精神障礙治療必須先明確診斷，查明引起精神障礙的器質性疾病。如果是腦部疾病，常見為腦梗塞、腦出血或腦萎縮。

第一類、如果是腦梗塞或腦出血。常常構成急性腦病綜合徵，這一類起病急，病情兇險，需馬上控制原發疾病。在控制原發疾病得到緩解後，往往精神症狀可以得到改善。

第二類、常見於腦萎縮，這構成慢性腦病綜合徵，也就成痴呆。痴呆的患者必須辨別痴呆嚴重程度。如果只是輕度，可以考慮用鹽酸多奈哌齊治療，並加社會功能訓練恢復社會功能。

如果痴呆進展快速且病情嚴重，已經達到重度標準，生活完全不能自理需要有人照顧，此時應使用鹽酸美金剛治療。如果痴呆伴發的精神行為症狀非常突出，比如有幻覺、有妄想或者情緒不穩定哭鬧，這時需要加用小劑量的抗精神病藥治療。但一定要注意痴呆的患者，使用抗精神病藥容易引起死亡，所以必須短期小劑量使用。