卵巢畸胎瘤採取的手術方式不同，手術過程有差異。最常見為腹腔鏡下卵巢畸胎瘤剝除手術，首先讓患者採取頭低腳高位，腹部消毒後在腹壁打3-4個孔，將腹腔鏡伸入腹腔，找到患病側卵巢，切開卵巢表面，進行充分遊離後，完整剝除畸胎瘤，再經過腹部創口，將無菌標本袋置入腹腔，將瘤體裝入標本袋，再將囊腫和標本袋一併取出。臨床多根據肌瘤情況決定是否病理檢查，如果檢查結果顯示為良性腫瘤，處理完腹部傷口後，手術即結束。