慢性結腸炎的併發症有以下幾方面：

1、大出血：如果破壞大血管，會造成大出血；

2、合併感染：最常見的為艱難梭菌感染，病程較長，可能會合並新的感染，因為腸道中有多種條件致病菌，在某些情況下其致病性會發揮作用。腸道也有一些有害菌，腸道慢性結腸炎，腸黏膜受損情況下，導致過路的細菌定植下來，如果定植下來的細菌毒力較強，甚至會造成全身感染；

3、如果慢性結腸炎較嚴重，病變反覆遷延不愈，還會造成穿孔、瘻管。可以為腸與腸之間形成的瘻，也可以瘻到其它地方，嚴重的患者會造成腹膜炎。有些患者好轉以後，如果黏膜組織破壞嚴重，還會造成腸狹窄，腸狹窄以後腸子會不通暢。有些疾病常年不愈，如10-20年不愈，這種在成人中較多見，還有癌變的風險。