灌腸是清理腸道，可作為檢查前的準備，如做腸鏡、鋇灌腸造影前的準備。如果患者為先天性巨結腸，清潔灌腸可作為治療手段。灌腸也可作為給藥的一個途徑，有些藥物需通過直腸直接給予。但是灌腸也有副作用，具體如下：

1、造成患者肛門部位不適，如果醫生動作粗暴，還會造成肛門損傷；

2、灌腸後造成患者短暫腹瀉，如灌鎮靜藥後會腹瀉1-2天，主要為肛門刺激或者灌氣液體滲透壓稍高造成腹瀉，但是這些症狀都較短暫，能快速好轉；

3、灌腸嚴重的併發症是造成穿孔，穿孔原因為患者腸道本身情況差、薄，若有嚴重的中毒性巨結腸，此時灌腸穿孔的危險性很大。同時穿孔與操作者手法粗暴也有關係，因此醫生要嚴格掌握灌腸的適應症與禁忌症，操作時手法輕柔。