腸炎病程分急性、遷徙性和慢性，其中遷徙性腸炎病程在2周到2個月。以輪狀病毒感染為例，免疫力較強的嬰兒病程在3-4天，病程較長的嬰兒需7天左右。而細菌感染進行治療後的較強免疫力患兒，其病程在3日內。

如果患兒長時間無法得到有效治療，病程可達幾個星期甚至數月，病情無法得到控制，生長發育會受到影響。

嬰兒腸炎存在的病因較多，不同病原體感染所引起症狀與臨床過程完全不同，難以得出確切的治癒時間。患兒應及時就醫檢測，確定其感染的病原體，從而進行針對性治療。