無排卵性功能失調性子宮出血的治療原則是止血、調整週期，有生育要求的患者促排卵。青春期少女以止血、調整週期為主；生育期的女性以止血、調整週期、促排卵為主；圍絕經期的女性以止血、調整週期、防止內膜癌變為主。

出血時首先要止血，少量陰道流血的無排卵異常子宮出血，B超顯示患者的內膜相對較厚，可以連續用孕激素，停藥以後3-7天就會有撤退性的出血，出血量多的患者需要快速止血，特別是圍絕經期的女性建議首選診刮止血。

藥物治療可以用較大劑量的口服避孕血止以後再逐漸減藥，青春期功血需要用大劑量的雌激素口服止血，通常止血以後也是逐漸減藥，然後是調整週期。對於體內有一定雌激素水平的患者可以用孕激素定期撤退出血，有避孕要求的患者可以用短效口服避孕藥。青春期少女用雌孕激素序貫治療，有生育要求的患者可以考慮促排卵治療。