手心長扁平疣在治療方面需要抗病毒的治療，可以外塗重組人干擾素α2b軟膏，或者塗抹咪喹莫特乳膏進行治療。

在口服藥的選擇上可以口服香菇菌多糖片，或者胸腺肽腸溶膠囊來提高機體的免疫能力。並且可以配合中藥的口服。主要的方劑包括蜂房、馬齒莧、板藍根、大青葉、紅花、赤芍、木賊、香附煎水200ml，2次/日口服。同時，可以把剩餘的藥液用來擦拭患處，輕輕地擦拭，直到擦拭患處出現微紅為最佳的狀態。可以起到清熱解毒的療效，能夠很好的殺滅病毒。