肛門附近長了扁平疣可以採取以下方法進行治療：首先，如果對於疣體不是很大，沒有出現比較嚴重的瘙癢症狀，可以進行藥物治療。可以在患處塗抹干擾素軟膏或氟尿嘧啶軟膏等。

其次，對於疣體比較大而且出現異樣病變，可以採取手術治療的方法，比較常見的手術方法有以下幾點：激光、冷凍、電離子等手術方法。最後需要注意自己的飲食生活習慣的調理，平常要注意多多補充維生素C，多運動，儘量提高自身的免疫力。治療期間是不可以吃辛辣、刺激性食物。一旦肛門附近長了扁平疣，最好是可以及時去醫院相關科室進行檢查，並在醫生的指導下進行治療。