阿昔洛韋是抗病毒的藥物，主要是對皰疹病毒感染效果較好，比如帶狀皰疹或者單純皰疹等。扁平疣是由人類乳頭瘤病毒感染所導致，阿昔洛韋並沒有明確的療效。

扁平疣多數選擇像維A酸類的藥物，這類藥有抑制表皮過度增殖，調節免疫、抗炎的作用，常用的有維A酸乳膏、他扎羅汀乳膏。也可以選擇重組人干擾素α2b凝膠，其具有抗病毒的作用。除此之外，咪喹莫特乳膏也有很好的抗病毒，調節免疫力的作用。除了藥物之外，扁平疣的治療也可以選擇冷凍或者激光治療。