治療扁平疣的中藥有柴胡、元胡、鬱金、磁石、龍骨、牡蠣、當歸、生地、丹皮、苦參、黃柏、川芎、金銀花、大青葉、魚腥草等藥物。中醫認為扁平疣大多與肝鬱氣滯有關係，所以在治療時候使用疏肝理氣藥物多一些，但也認為與內有溼熱有關係，所以會配合清熱、解毒、利溼的中藥同時治療。

西醫認為本病與病毒感染有關係，所以在治療的時候應該注意調節情志和好好休息，提升自身免疫力效果會更好。