眼睛周圍扁平疣的治療有以下幾種措施：

1、外用藥物進行治療，常用的藥物有重組人干擾素α-2b凝膠、氟尿嘧啶軟膏、咪喹莫特乳膏等。外用藥物治療扁平疣起效比較慢，治療時間比較長，需要長期使用。

2、物理的方法，在眼周的扁平疣因為痛覺比較敏感，所以一般採取液氮冷凍的方法治療，需要治療數次才能徹底治癒。

在藥物治療或液氮冷凍治療的同時也可以口服藥物，常用的藥物有轉移因子膠囊、胸腺肽等提高免疫力的藥物，也可以口服中藥進行治療。