智力低下患兒的預後與引起智力低下的病因、智力落後的嚴重程度、發現和治療的早晚有較大關係。一般後天因素引起的腦損傷，比如出生缺氧、生後的黃疸、顱內出血、驚厥等引起的智力落後，如果發現及時，及早干預康復治療。由於發育早期的大腦可塑性和代償能力較強，治療效果較好。先天和遺傳因素引起的智力低下，比如大腦先天畸形，巨腦回、小腦回、灰質移位，遺傳的如21-三體綜合徵、天使綜合症，預後會差些。即便是先天和遺傳因素引起的智力低下，如果發現的早，採取積極的干預措施，孩子也能得到很好的康復。比如隱性遺傳苯丙酮尿症，是一種可以引起嚴重智力低下的常染色體隱性遺傳病，如果到1-2歲才發現，孩子的智力就很難恢復，如果通過新生兒篩查，在新生兒期得到診斷，給予低苯丙氨酸的特殊飲食和藥物，再給予必要的康復隨訪，患兒長大後可以和正常人完全一樣，學習、工作、生活。類似的像先天性甲狀腺功能低下，如果3個月前發現，及時補充優甲樂，絕大多數患兒的智力也可完全正常。如果6個月以後才發現，雖然補充甲狀腺素可以改善體格發育，但是智力仍然會嚴重受損。