智力運動發育落後的發病原因比較多，包括：

1、先天性因素：孩子在出生前，在胚胎髮育過程中，因為各種方面的因素，包括外界的因素，導致他的基因或者染色體出現異常，甚至有家族相應的遺傳性疾病，這些往往都導致他的基因出現突變或者異常的表現。所以這類孩子出生的時候，包括以後成長過程中，可能就會慢慢出現一些智力運動落後的表現。還有代謝性的因素，比如代謝性疾病，包括糖代謝性的障礙、脂肪代謝性的障礙、氨基酸代謝性的障礙，這部分病人往往也會表現出智力運動發育落後；

2、後天性因素：最多見的是孩子在出生時出現窒息或者腦的缺氧，這部分孩子如果不經過很好的處理或者處理不及時，往往會遺留一些腦神經系統的後遺症，以後就會出現智力運動發育落後的情況。還有在發育過程中，比如得了腦炎或者腦外傷等表現的時候，也會造成腦損傷，這種腦損傷如果處理不好或者處理不及時，孩子以後會出現後遺症的表現，往往會表現出智力發育運動落後。