腰穿操作遵循無菌觀念，選擇部位準確，操作方法輕柔，一般對人體損害較小。但腰穿存在嚴格要求，因為可能出現不良損害，如由於局部疼痛損傷血管導致出血，形成血腫、局部感染，或由於操作出現損傷神經根表現以及損傷脊髓可能性。若由於腦脊液釋放過快可出現低壓性頭痛。腰穿做完後可出現背部的腰肌損傷，存在背部疼痛表現。

診斷腦膜炎最重要方法是腰穿腦脊液檢測。腰穿腦脊液檢測是通過局部手術採取腦脊液進行檢測。一般通過腰椎第3-4椎間隙或第4-5椎間隙進針後獲取腦脊液。