扁平苔蘚一般不會自行痊癒。扁平苔蘚目前發病原因並不清楚，考慮與免疫、遺傳、病毒感染、精神因素等有關係，有些扁平苔蘚的患者會合並自身免疫性疾病，比如橋本氏甲狀腺炎、潰瘍性結腸炎等。扁平苔蘚目前臨床上沒有什麼特效的治療方法，一般都是採用綜合性治療的方法，常用的比如糖皮質激素、他克莫司、維A痠軟膏，有些患者可以嘗試應用糖皮質激素局部注射來進行治療。

某些患者因為有劇烈的瘙癢，可以口服抗組胺類藥物，比如西替利嗪、撲爾敏等。還有一些患者可能會出現糖皮質激素不敏感的情況，可以考慮用免疫調節劑，比如羥氯喹。