扁平苔蘚由於病因尚未明確，目前無特效治療方法，所以不能達到完全治癒或根治，而且預後差異較大。

對於病症較輕的患者，去除誘發因素，經規範治療後少數人群在幾周內可以達到臨床治癒，但有復發的可能。部分皮膚扁平苔蘚也可能在兩年內逐漸自行消退，但可能會遺留一些淡褐色的色素沉著改變。另外，部分患者數十年才可自然緩解，並有一定復發、癌變的可能。

患有扁平苔蘚需要遵醫囑進行系統、規範的治療，以避免症狀加重。急性泛發重型患者首選系統使用糖皮質激素，病情頑固者可聯合使用維A酸類藥物、免疫抑制劑、抗生素、抗瘧藥等。侷限性患者可外用糖皮質激素製劑、維A酸類藥物、他克莫司或吡美莫司乳膏，對頑固、單發或癌變皮損也可採用手術治療。

除此之外，患者生活應有規律，消除或減輕精神緊張，避免菸酒及刺激性食物，停用引起本病的藥物，日常注意防曬，保持清潔衛生等，均有利於促進疾病達到臨床治癒。