月經期間肚子疼，即痛經，可以分為原發性痛經和繼發性痛經。原發性痛經是指女性初潮時伴隨有經期下腹疼，患者通常沒有器質性病變。繼發性痛經是指女性初潮後，起初沒有痛經，但隨著發育成熟，隨後出現月經期下腹痛。較多繼發性痛經與子宮腺肌病發病有關，是器質性病變引起。

痛經的發生和子宮局部產生致痛物質有關，月經期孕激素水平下降，子宮內膜能產生較多前列腺素，屬於致痛物質，可以引起子宮的高張力和痙攣性收縮，引起子宮缺血，患者可以伴隨有較嚴重的疼痛。當致痛物質在血液循環中間循環時，還可以引起相應血管、胃腸道、呼吸道的平滑肌收縮，引起相應伴隨症狀。對於痛經，一般可通過服藥物阻斷前列腺素合成，減輕痛經。