先天性巨結腸患者的治療主要是手術治療，傳統一般都是開腹手術。改革開放後，小兒外科得到加快發展，特別是在近20年，小兒外科微創技術的發展較快。

先天性巨結腸在專業醫院都採用微創手術，即不需要開腹，在患兒腹壁上起孔、打幾個洞，通過微創器械，在腹腔裡處理好以後，再結合肛門切口切除病變，在肛門下再做吻合。現在有條件的醫院，一般都採用這種微創手術方法治療先天性巨結腸患者。