先天性巨結腸術後會有不同程度的排便功能障礙，包括便秘、大便失禁。因此巨結腸根治手術以後並不代表巨結腸疾病已經完全癒合，還需要各種輔助治療手段。患者長期便秘，大量毒素積聚在腸腔裡，會損傷近端腸管腸神經和平滑肌。

患者要減少巨結腸術後小腸結腸炎的發生，培養正確的入廁習慣。儘早建立排便反射，合理飲食，如多吃蔬菜、水果以及粗糧等富含粗纖維素的食物；多飲水、多運動，促進腸管蠕動。術後存在頑固性便秘的患兒需要到兒童專科醫院進行詳細評估，制定個體化的康復計劃，但是少數患者還需要再次手術治療。

巨結腸合併有近端腸管神經元發育不良，患者術後存在近端腸管功能異常。因此巨結腸術後需堅持規律擴肛治療半年，防止吻合口狹窄以及吻合口瘢痕形成，影響腸蠕動和排便功能。