先天性巨結腸是比較複雜的疾病，部分小孩手術以後可能會留下便秘後遺症。把先天性巨結腸病變腸道的痙攣段、移行段、擴張段進行切除，可能會留有小部分擴張段，部分孩子手術以後可以回縮正常，但是部分孩子腸道縮不回來，會導致腸道部分功能不全，可能出現便秘。但術後便秘和手術前便秘不一樣，手術以後復發也會引起便秘。

手術中會進行病理切片，把需要切除位置的部分腸道切下做切片，看有沒有正常神經元，手術後可能會出現部分缺血導致神經變性，或者留下的腸道神經元質量不是非常好，導致部分孩子出現便秘情況。