先天性巨結腸的手術適應症如下：

1、合併有小腸結腸炎並不能控制者：若確診為巨結腸，小腸結腸炎是巨結腸患者的特有併發症，術前、術中、術後都有可能發生；手術中如果併發小腸結腸炎，腹脹加重、感染加重，不行手術會導致生命危險；手術方式一般是結腸或者回腸末端的造瘻手術，經過抗感染，炎症控制之後改善小兒的情況，再做第二次巨結腸根治手術；

2、合併有營養不良、高熱、貧血、腹脹者：巨結腸確診之後2個月做手術最好，如果發病比較晚或者時間比較長，有營養不良、高熱等併發症，可能是因為做手術較晚；經過確診應及早做手術，改善小孩子的一般情況；

3、保守治療無效者：經過結腸灌洗、洗腸做輔助排便仍不能緩解排便時，患者要儘早做手術；

4、複雜明顯影響呼吸者需要急診手術行造瘻或者確診根治手術。