先天性巨結腸術後飲食如下：

1、篩查過敏原，等待小孩入院確診後篩查食物過敏原，對牛奶過敏的患兒根據每個嬰兒個體需求，計算每日能量、水和電解質的需要量，給予相關水解蛋白奶粉進行餵養，初始餵養可採用稀釋的奶液，4天內逐漸過度到全量。其他食物過敏者，按其過敏原儘量避免患兒攝入該種食物，同時對於處於哺乳期的患兒母親也要防止攝入該種食物；

2、術後灌腸，患兒出院後，併發小腸結腸炎者應延長灌腸時間，排便後給予溫生理鹽水進行灌腸，直至患兒臨床症狀逐漸恢復，恢復後可逐漸減少灌腸次數。電話隨訪、術後對患兒進行為期半年，甚至更長時間的隨訪，應該每週進行一次，指導患兒家屬掌握合理的餵養方法，注意患兒的日常飲食，並對患兒的排便反射進行訓練。患兒出院後堅持服用微生態製劑，一旦發生異常應及時回院複查，儘量母乳餵養，如果不能母乳餵養吃水解蛋白的奶粉是最好的。