先天性巨結腸手術原則，切除無神經節細胞症腸管的病變段並重建腸道功能。先天性巨結腸的手術治療，從傳統的腸造瘻及開腹手術，逐漸轉向單純經肛門脫出術和腹腔鏡輔助手術等微創手術方式。近年來，絕大多數小兒外科醫生均接受一期突出術治療該病，並儘量避免造瘻。如果患兒併發嚴重的先天性巨結腸，相當於小腸結腸炎、腸穿孔、營養不良，特別巨大糞時或近端腸管高度擴張合併病變腸管範圍無法確定時，仍需首先接受腸造瘻術，同時行術中腸活檢明確診斷。

脫出型直腸結腸切除術，Swenson手術，結腸切除直腸後結腸脫出術，Duhamel手術，經腹結腸切除結腸直腸吻合術和Swenson手術，都是公認的治療先天性巨結腸的經典手術方式。近年來在手術方式上最重要的進展，單純經肛門手術和腹腔鏡輔助手術的微創手術方式，取消了經典熟知的經腹路徑，避免了開腹手術所帶來的併發症，手術安全性大大提高，預後的時間更加短，恢復更加好。